Према Закону о високом образовању, и Статуту који је Универзитет донео, дефинисане су врсте и нивои студија на Универзитету у Нишу и уведен Европски систем пренoса бодова (ЕСПБ).
Делатност високог образовања остварује се кроз академске и струковне студије.
Студије првог степена су: основне академске и основне струковне студије.
Студије другог степена су: мастер академске, интегрисане академске и специјалистичке академске студије.
Студије трећег степена су: докторске академске студије.
У складу са реформом високог образовања која је започета доношењем Закона о високом образовању, факултети Универзитета у Нишу су спровели интензивне активности на доношењу нових студијских програма у циљу повећања атрактивности садржаја које нуде студентима, а тиме и повећања интересовања младих за студије на факултетима Универзитета у Нишу.
Студијске програме првог и другог степена на факултетима Универзитета у Нишу можете погледати у делу Студије .
Универзитет у Нишу је по први пут акредитован фебруара 2009. године у оквиру трећег циклуса акредитације високошколских установа Србије у којем су акредитовани и универзитети у Београду и Новом Саду. Убрзо након тога, августа 2010. године Универзитет у Нишу акредитовао је свој први студијски програм мастер академских студија Мултимедијалне технологије у пољу техничко-технолошких наука у области Eлектротехничко и рачунарско инжењерство и то за упис 32 студента у седишту Установе.
У складу са Законом о високом образовању, одлуком Комисије за акредитацију и проверу квалитета Републике Србије aкредитовaни су сви факултети Универзитета у Нишу.
