Универзитет у Нишу је члан Асоцијације европских универзитета (EUA) и као посебна установа и у оквиру колективног чланства КОНУС-а, Интеруниверзитетског центра у Дубровнику (IUC), Универзитетске мреже "UniAdrion", Дунавске ректорске конференције (DRC), Европске фондације за квалитет е-образовања (EFQUEL) и Ректорскe конференцијe универзитета Регије Алпе-Адриа (AARC).
